1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
拔出天道之剑的沈剑心信心满满，下山重回江湖。而此时的中原武林正面临着前所未有的危机。沈剑心因身负胎气原力和天道之剑，临危受命进入航海世界，卷入了层层阴谋之中。在沈剑心一行人的旅途中，意外接连不断地发生，神秘人物的身份也逐步揭晓……
时值纪元前——至此未曾经历大一统的中原大陆，正处于长达500年的春秋战国时代。主角是生于严苛的战乱之世的少年——信，他是秦国境内一个立志成为大将军的年轻人，却因故卷入春秋战国的秦国宫廷内斗(秦始皇幼年时期) 。他将以一己之力于天下留名！
