为了整理外婆的遗物，主人公鹰原羽依里在暑假独自来到了鸟白岛。 走下一天只有几趟的渡轮，他遇见了一位少女。她任凭海风吹拂着发丝，只是眺望着……那水天相接的边境。回过神来，那位少女不知已经去往何方。羽依里似乎有些怅然若失，但他还是向外婆家走去。 有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已经开始在那里整理遗物了。羽依里帮忙整理着充满着外婆回忆的遗物时，也逐渐适应了初来乍到时让他无所适从的“岛上的生活”。 在都市生活中无法体会到的，与大自然的邂逅。这样的岛上生活，能让他想起曾经遗忘的，值得怀念的点点滴滴。 与眺望着大海的少女相遇。 与迫寻奇幻蝴蝶的少女相遇。 与寻找回亿和海盗船的少女相遇。 与住在宁静灯塔的少女相遇。 在岛上结识了新伙伴——曾经想着，如果这个暑假永远不会结束就好了。
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
海底小纵队是一群活跃在海底的小小冒险家。小纵队集结了皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）等7名伙伴，在核心成员巴克队长（北极熊）的带领下向着未知的海域不断探索前进。 在本次电影的探险中，一座火山突然喷发，突然唤醒了太平洋海底的几百座火山组成的 “火焰之环”，这一突发性事件迅速演变成了一场全球范围的大灾难。 即将集体爆发的火山群时刻威胁着被海啸冲上岸的角岛鲸、生活在火山群岛的帽带企鹅、小纵队维修站的设备、海洋农庄里植物鱼种下的粮食……更不用说那些常年居住在火山口的动植物们！ 海底小纵队的成员们必须在太平洋海域分头行动，分秒必争，全力救助那些生活在火山周围的奇异海洋生物们。
玉皇大帝就把谁都不愿意干的、整理天庭档案的工作交给了他们。几位成员没想到，天宫里所记录的档案是 “体验式”的，每一个管理员可以介入该档案所记录的事件回忆中进行体验。 于是，夺宝旅行团的一行人由此开始了一场场改写档案的新奇历险。
