在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。 鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
大周年间，时局动荡，奸臣当道。直属帝王的秘密暗杀组织不良人一夜之间突然群龙无首，不良帅袁天罡留下一纸书信辞官而去。失去人生方向的袁天罡，在好友李淳风留下的锦囊的指引下，来到了长安安乐阁，却不曾想到此地竟是风月之所。而接下来发生的一切，随着寻求自由之人、寻求不死之人、寻求权力之人的逐一登场，为袁天罡的旅途拉开了新的序幕……
椎名亚树（喜多村英梨 配音）因为外表的缘故，常常被人误认为是女孩子，这让他非常的苦恼，十分希望增加一些男子气概。为了培养自己独立生活的能力，升入初中后亚树独自前往东京，住进了春原庄，开始了一个人的生活。 成熟稳重温柔贤惠的春原庄主人春原彩花（佐藤利奈 配音）、活泼开朗有时有些活泼过头的春原菜菜（佐仓绫音 配音）、拥有超高人气的学生会会长雪本柚子（高森奈津美 配音）、虽然看上去十分冷漠但实际上对可爱的东西完全没辙的月见里堇（濑户麻沙美 配音）、整天笑嘻嘻但内心里的想法无人知晓的风见百合（宫本侑芽 配音），在这些姐姐们的陪伴下，亚树真的能够成长吗？
普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕.....
