蝙蝠侠与盟友从过去归来仅一天，就发现世界已非离开时的模样。整个日本岛不复存在，正义联盟的英雄们也集体消失。然而他们还没来得及理清头绪，更离奇的变故接踵而至——黑帮成员开始从天上纷纷坠落。
“你要变强！现在的你还很弱！”自李青牛记事起，聋婆婆就一直这么告诉他。 对此，李青牛也一直深以为然。因为他跑得没有瘸子爷爷快，看得没有瞎子老拐远，炼丹没有药渣子好，就连村口的大黑牛都打不过。 直到有一天，李青牛走出了村子，可他发现，这里的所有人都没有他厉害……他要去寻找真正的强者，他也要变成聋婆婆口中的真正强者！
莫斯科，18世纪初，苏哈列弗塔楼附近有一个实验室，它属于著名的巫师雅各布·布鲁斯，这里总是发生一些神秘事件。布鲁斯的女儿玛戈和伙伴皮特在争吵中撕毁了一份古老的手稿，这份手稿里蕴藏着布鲁斯的魔法力量。现在他不能再从黑暗中保护祖国，皮特和玛戈必须进入魔法世界以恢复手稿，与此同时布鲁斯正奋力与黑魔法对抗……
在遥远的十二号行星阿莫伊上，存在着一个扭曲的社会。这个社会由巨型电脑朱庇特所掌控。为了净化基因，人类被放逐了，一般的生育方式被彻底抛弃，朱庇特通过直接操控基因的方式，制造出了一大群更加完美的生物体，他们美丽，强壮，聪明，但冷酷无情、野心勃勃。这群所谓的“超人类”成为了普 通人类的统治者，他们通过发色来区分等级，其中，黑发和金发，分别处于等级的最底层和最高层。 在首都塔拉古纳，有一群被称之为“宠物”的低等居民。他们被豢养、玩弄，每天都生活在没有尊严的纸醉金迷中。里奇（关俊彦 配音）就是其中的一员，但也是特殊的一员，黑发的他属于底层居民，而他金发的主人雷森（盐泽兼人 配音）却是朱庇特最喜欢的“孩子”。其实，他们的感情早已远远超出了正常的宠物与主人之间的界限，然而，在朱庇特看来，这样跨越阶级和种族的感情是绝对不允许发生的。这一对禁断的恋人会有一个好的结果吗？在绝对的统治之下，所有的一切都显得那样渺小。
过去大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔、土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不仅做为执行者的夜光身亡，还强烈地扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来......
