漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
寄宿大学生高桥美咲（樱井孝宏 配音）和大作家宇佐见秋彦（花田光 配音）延续着第一部，仍然继续着他们的恋爱故事。在秋彦的编辑相川小姐和丸川书店的老板的怂恿下，美咲答应参加秋彦的菊川赏得奖纪念酒会。在路途上，美咲意外邂逅了秋彦的哥哥春彦（鸟海浩辅 配音）。小兔老师和家人的关系都很恶劣，夹在中间的美咲左右为难。而难上加难的是，春彦展开了追求美咲的攻势，不是送花就是送草莓，让小兔老师的低气压降到最小值。小兔老师不仅提防着春彦，还得提防着美咲的同学角，但没想到角真正中意的是他自己。 美咲和小兔的恋爱道路上挫折不断。而另外两对，上条弘树（伊藤健太郎 配音）和草间野分（神奈延年 配音）；高槻忍（岸尾大辅 配音）和宮城庸（井上和彦 配音）的感情之路也波折连连。但结局好一切都好。
曹焱兵一行因芦花古楼的覆灭被皇甫龙斗领导的天罡龙棋将栽赃嫁祸，全员受到灵域的通缉，在经过“天武街”和“风雷街”时，他们分别遭遇了王国组织的第三骑士红莲与第十骑士凯米拉。其后，曹焱兵为探寻母亲下落，故意被缉拿至由群英殿镇守的死牢“千机黑刹”。而其伙伴们为救曹焱兵，在多方驰援下，各方势力齐聚群英殿，展开了一场精彩绝伦的群英荟萃之战。
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
