统一历1926年。 谭雅·冯·提古雷查夫少校所率领的帝国军第二〇三航空魔导大队， 在南方大陆发起攻打共和国军残党的战役。 他们期待着凯旋休假，但在本国等待着他们的却是参谋本部的特命。 命令称“联邦国境附近有大规模动员的征兆”。 面临新的巨人的觉醒，不顾一切的帝国军自然地将战果扩大…… 与此同时，联合王国主导的多国籍义勇军踏入了联邦内部。 敌人的敌人即是朋友。 被国家理性所引导，迎来多舛命运的他们之中，有一位少女。 玛丽·苏准尉。 她为了向杀害父亲的帝国讨回正义，而拿起了枪。
你是外星人派还是幽灵派？又或者两个都信？原本分属两派的小桃和厄卡伦各自有了超自然奇遇，不可思议的大冒险就此展开！
过去大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔、土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不仅做为执行者的夜光身亡，还强烈地扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来......
