行到水穷处，坐看云起时。雷家堡一战后，雷家家主战死，剑仙陨落，萧瑟强行使用内力导致自身生命垂危。为挽救萧瑟，众人踏向神秘的海外仙山，只为寻找那传说之中的仙人。而与此同时的朝堂与江湖之争，仍在继续。
在现代日本生活的“本须丽乃”，在决定就职于自己所心愿的图书馆的那天去世了。想去读更多的书，抱着这样的念想的她，意识到的时候，已经拥有了异世界幼女清醒的身体并恢复了意识。故事的舞台是由拥有魔法力量的贵族们所统治的中世纪异世界的都市，在严格的身份制度中，拥有现代日本知识的少女麦茵，为了得到书而奋斗。
唐门外门弟子唐三，因偷学内门绝学为唐门所不容，跳崖明志时却发现没有死，反而以另外一个身份来到了另一个世界，一个属于武魂的世界，名叫斗罗大陆。这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有神奇的武魂。这里的每个人，在自己六岁的时候，都会在武魂殿中令武魂觉醒。武魂有动物，有植物，有器物，武魂可以辅助人们的日常生活。而其中一些特别出色的武魂却可以用来修炼并进行战斗，这个职业，是斗罗大陆上最为强大也是最荣耀的职业“魂师”。 小小的唐三在圣魂村开始了他的魂师修炼之路，并萌生了振兴唐门的梦想。当唐门暗器来到斗罗大陆，当唐三武魂觉醒，他能否在这片武魂的世界再铸唐门的辉煌？
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
