故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
升入高中开始独居生活的高一学生藤宫周。 他居住的公寓隔壁，住着学校里首屈一指的美少女椎名真昼。 原本毫无交集的两人，却因周借给在雨中淋得全身湿透的她一把伞为契机，展开了一段奇妙的缘分。 看着过着颓废独居生活的周，真昼实在看不下去，便开始为他做饭、打扫房间，在各方面费心照料他。 比邻而居的两人，就这样慢慢地、一点一点地，心意逐渐相通。 这是一个与可爱的邻居之间， 甜蜜又令人心焦的恋爱故事——。
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
监国独揽朝政，漠北大军来势汹汹，岐国独木难支，且看李星云如何带领不良人绝地反击！
小黑跟随师父在小镇上过着安宁日子，分会馆遇袭，打破了妖精世界维系多年的和平，来自妖灵会馆的“全新任务”也让两人陷入分离危机，更让师父无限的处境发生翻天覆地的变化。面对环环相扣的谜团，小黑与师姐鹿野共同开启了寻找真相的新冒险。这一次小黑能否经受住考验，顺利保护师父化险为夷？
