作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
打开通往异世界的大门后，天上优夜获得超强能力，脱胎换骨变成完美无缺的少年。在两个世界往返的他，「无自觉的外挂能力」愈来愈强大──!? 在异世界的洞窟里，他找到一本『贤者之书』，因此继承了传说贤者的超魔术。最强的体能再加上高强的魔术，他在异世界的进化简直没有极限... 现实世界当中，王星学园展开了校外教学！优夜活跃的表现陆续迷倒同年级的少女们，但是各方面都是顶尖水准的他不以为意，继续走自己的路！少年升级的脚步停不下来，全世界人类都将为他震惊──!!
随着恶魔觉醒，人类世界陷入混乱。性格温柔的男孩与恶魔合体，在神秘好友飞鸟了的指引下，卷入一场残酷、堕落的对抗邪恶之战。
八坂一（三瓶由步子 配音）是一个普通的少年，每年夏天，他都要借宿于祖父位于海边的老宅。这一年是注定不平凡的一年，在方舟咖啡馆里，阿一遇见了令他一见钟情的女子——岚山岚（白石凉子 配音）。岚亮丽的外表和开朗的性格吸引着阿一的注意，但更重要的是，当阿一和岚的双手相触之时，他们居然穿越回了古代的日本！ 原来，岚的实体在二战时期早已死去，现在出现在阿一面前的，是一种被称之为“幽灵体”的存在，当幽灵体遇到了特定的人物时，便能够激活其穿越时间的能力。在咖啡馆里，越来越多的幽灵体聚集在了一起，在她们对于往昔的思念和忧伤之中，岚和阿一发展出了一段超越了时空的爱恋。
拥有多个灵魂的人，便可获得分解之力，感受到这个世界的实质，理解、掌握并且改变规则，为所欲为，连整个世界都被他们分解重组。面目全非的地球上，分解者站于食物链的顶端。“他”本该是其中之一，却选择了对抗，以最强分解者为目标，试图让世界回归原状，只为有机会能与所爱之人再次相拥。 上一季结尾，崛起者哈登、老K等人齐心协力击退了统治赫墨拉塔城的白昼女王。身体被分解的凯伦与TuP的克里曼均被情报贩子尼克带走，第一空间只留下艾琳和赫墨拉的女儿艾咪两人相依为命……而在第二空间，众多势力云集，那里又将掀起一场新的血雨腥风。
