上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽，他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。 雾山之中另有被封印于巨阙神盾之中的具有强大灵力的麒麟兽，常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一 股腥风血雨......
故事讲述生活在日本九州田舍的17岁少女・铃芽遇见了为了寻找“门”而踏上旅途的青年。追随着青年的脚步，铃芽来到了山上一片废墟之地，在这里静静伫立着一扇古老的门，仿佛是坍塌中存留的唯一遗迹。铃芽仿佛被什么吸引了一般，将手伸向了那扇门… 不久之后，日本各地的门开始一扇一扇地打开。据说，开着的门必须关上，否则灾祸将会从门的那一边降临于现世。
醒来后，主角「亚克」发现自己竟然以游戏角色的姿态，被丢进了异世界——全身穿着铠甲，里面却是一副骷髅骨架的“骸骨骑士”。——身份一旦暴露，恐怕会被当成怪物，成为讨伐对象！？亚克决定低调行事，以佣兵的身份活下去。然而，他绝不是那种对眼前的恶行视而不见的男人！在旅途中相遇的精灵战士阿丽亚娜、兽人族的忍者千夜目，以及精灵兽碰太，今天也继续着他们的旅程。凭借一刀两断的痛快与爽快战斗而广受好评的超人气TV动画，万众期待的续集制作决定！骸骨骑士大人毫无自觉的“替天行道”异世界奇幻故事，在此再度登场！！
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……
