阿逗等人历经磨难，终于消灭了通天帮，但七号厨房却永远地被摧毁了，众人黯然之余，姜无牙却神神秘秘地向众人展示了自己发明设计的移动“厨房”，一架巨型飞艇。厨房众人收拾心情，乘坐飞艇，开始踏上了全新冒险之旅。
旅行中的奇诺和艾鲁梅斯来到了一个科学高度发达的文明国家。在安定的环境下，该国家人民均生活在巨蛋之内。一方面，这个国家是由杰出人士们创造出来的“开拓地”，然而另一方面，他们又同时渴望着巨蛋之外真实的阳光和土地。
在初唐，一位胸怀大爱的智者玄奘似乎找到了解救世人的方法，传说玄奘法师为十世金禅转世，在这十世间玄奘以不同的身份、不同职业不断地寻找解救世人的方法，在经历九世的失败后，玄奘终于悟得济世法门---【治心才能治人】。
省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。
