在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
医道天才杨云帆在山上苦修多年后，下山寻找白富美未婚妻，结果遭到未婚妻的冷落，被视作乡巴佬给打发了。令人想不到的是杨云帆看似普普通通，却身怀绝技，任何疑难杂症到他面前都手到病除，各种奇遇和危险迎刃而解。众人对他刮目相看，未婚妻以及各路美女投怀送抱，而他秉持着侠义当先的精神，救死扶伤，最终成为一代神医！
