2016年日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次确认以来已经过了数月，其正体仍未判明，人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的是被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。对此感到焦躁的日本政府为了解决突然出现的Phenomenon而组织了特殊部队。总务省情报管理厅管辖扩张现实特殊战略队群特别攻击队——又名扩张少女系三重奏。
药谷完治（丰崎爱生 配音）是一名现代日本药学研究者，哪知道在误打误撞之中，竟然转生来到了异世界，成为了宫廷药师名家的儿子法尔玛。这是一个无论是药学还是科技都落后于现代的世界，可是在这里，完治获得了只有这个世界才有了神奇魔力。 于是，完治决定运用自己获得的能力，以及在原本世界里所拥有的药理学知识，来纠正存在于这个世界的对于治疗方法和药物调配的错误认知。在此过程中，完治邂逅了父亲的第一大弟子艾兰诺（上田丽奈 配音）以及和母亲一起侍奉自己家族的夏洛特（本渡枫 配音）。
小树人格鲁特将踏上全新冒险旅程。
