该片讲述秋季之后的故事，从原作漫画第7集的剧情接续下去。除了小野寺小咲的妹妹小野寺春、小野寺春的好友小风和从美国飞来的宝拉·马可伊之外，其他还有千棘的母亲桐崎华等个性鲜明的新人物也将陆续登场。
本片主角伍六七原本在小鸡鸟上生活得无忧无虑,但因为失忆所以其身份成迷。随看外来者登入小岛认出了伍六七,各种阴谋也开始笼罩小鸡岛。于是伍六为了保护伙伴和他们的家园,决定回到玄武国迎接自己的宿命。
通过几位当事人的视角，旁白叙述中动画与资料影像拼接还原出令人揪心的案发经过，它用这种方式使观众能更自然地了解与代入这个发生于50年前的枪击案，其专注于几位当事人关键抉择的悬念塑造，与之后插入的真人采访录像，以及有意忽略凶手的叙事策略，表明影片重点是关于几位普通人的伟大抉择与伤痛回忆。
「若能永远单恋……不觉得比两情相悦还幸福吗？」为了保护阿良良木历，和神进行生命交易的少女──战场原黑仪。约定「忌日」将近的寒假，她选择的是最黑、最恶劣的手段……〈物语〉承受重压而轧轢、扭曲、哀号──这就是现代的怪异！怪异！怪异！青春，是为了和你相恋。
公元2307年，地球的化石燃料枯竭了。经过将近半个世纪的建设后，建成了全长5万千米、以3条轨道升降机为中心的太阳能发电系统。为了建造出这个能制造半永久能量的巨大建筑物，世界形成了3个巨大的国家联盟：以美国为中心的“世界经济联盟”，通称UNION；以中国、俄罗斯、印度为中心的“人类革新联盟”；新欧洲共同体AEU。由于轨道升降机过于巨大，防卫变成了十分困难的任务。但各国军队依然为了自己的威信与繁荣进行着大规模的zero-sum game（任何一方都得不到好处的竞争）。这样的世界，要为其花上句号的组织出现了——拥有机动战士高达的“天人”私人武装组织。他们为了消除世界的纷争，展开了超越民族、国家、宗教的作战行动。高达驾驶员刹那•F•清英决心改变这个世界。
