在火焰魔女事件之后，莫凡再次投入到魔都学府的修炼中，但就在最关键的时刻，突然传来了好兄弟张小候失踪的消息。重感情的莫凡立即停止赛程，带着魔都血族好友柳茹共同赶赴古都，闯入了正处于妖魔活跃期的中心地带。
再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼
东京港突然出现了超级怪兽度林卡。青年东光太郎挺身而出，孤身奋战击败了怪兽，得到赛特队重视，成为赛特队一员。再一次与怪兽战斗中，献出了生命，这时奥特之母将泰罗的生命给予了东光太郎，东光太郎亦因此成为泰罗奥特曼。
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……
