全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
千早瑠依（古川慎 配音）和千原狮音（山本和臣 配音）是一对好朋友，两人常常结伴去搭讪女孩，因为他们英俊的外貌，搭讪行动大概率会以成功收场，这令两个男孩感到非常的骄傲。一天，狮音和往常一样，在海滩上释放他的费洛蒙，哪知道一个神秘的女人一直在暗处偷偷的盯着他。 神秘女人给狮音下了药，令狮音成为了女孩子。狮音绝望的得知，他必须吸收男子的精华，才能够重新恢复男儿身，可如果恢复男儿身的他损失了一定数量的精华后，他将再度变回女孩。很快，瑠依就知道了狮音的秘密，哪知道，这个离谱的男人竟然对变成了女儿身的好友垂涎欲滴。
阴云密布的本能町，在神秘恐怖的本能字学园，高高在上的学生会长鬼龙院皋月（柚木凉香 配音）只手遮天，她通过“极制服”统领校内的学生，极制服由所佩戴的星星数量分级，级别越高拥有的战斗力就越强。这一天，一个背着单片太刀剪的女孩出现在本能字学园门口。她叫缠流子（小清水亚美 配音 ），为了调查杀害父亲的真正凶手而来到这个凶险的所在。谁知她刚刚到来不久，便遭到蟇郡苛（稻田彻 配音）、猿投山渦（桧山修之 配音）等学生会四天王的阻击。 关键时刻，缠流子意外得到父亲制作的黑色神衣，由此战斗力大增。连番激烈的战斗在本能字学园展开……
因长期在战争中活跃，而被称为〝救国英雄〞的男人——迪亚斯。 他所收到的唯一奖励就只有——广阔的领地。 与生活在当地的鬼人族少女‧阿尔娜相遇后，开始了他作为领主的第二人生。
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
缩短距离，构筑关系的日常。 高中生和美少女的同居生活。 因为悲惨的家庭环境，对男女关系持有封闭价值观的二人约定对彼此不抱期待。 一个渴望爱而努力，不懂撒娇的沙季和作为她的哥哥却感到迷茫的悠太。 殊途同归的二人，渐渐相识相知…… 不知何时会亲情变质的故事…… 素昧平生的男女互相接近并彼此改变的恋爱物语。
