全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
寄宿大学生高桥美咲（樱井孝宏 配音）和大作家宇佐见秋彦（花田光 配音）延续着第一部，仍然继续着他们的恋爱故事。在秋彦的编辑相川小姐和丸川书店的老板的怂恿下，美咲答应参加秋彦的菊川赏得奖纪念酒会。在路途上，美咲意外邂逅了秋彦的哥哥春彦（鸟海浩辅 配音）。小兔老师和家人的关系都很恶劣，夹在中间的美咲左右为难。而难上加难的是，春彦展开了追求美咲的攻势，不是送花就是送草莓，让小兔老师的低气压降到最小值。小兔老师不仅提防着春彦，还得提防着美咲的同学角，但没想到角真正中意的是他自己。 美咲和小兔的恋爱道路上挫折不断。而另外两对，上条弘树（伊藤健太郎 配音）和草间野分（神奈延年 配音）；高槻忍（岸尾大辅 配音）和宮城庸（井上和彦 配音）的感情之路也波折连连。但结局好一切都好。
全人类为之恐惧——。 没有任何异常的人类突然燃烧，化作操纵火焰的怪物“焰人”，并极尽破坏之能事的“人体自燃现象”。面对火焰的恐怖挺身而出的特殊消防队，肩负解开这一现象的谜团，并拯救人类的使命！由于某种理由而被人叫做“恶魔”的新队员少年·森罗，以“英雄”为目标，和同伴们一起，每天投身于与“焰人”的战斗当中！！
