故事发生在洋溢着青春气息的校园里，在这里，活跃着各种各样的可爱的女孩子们。 虽然成绩非常的优秀但实际上整个人都有些天然呆的椎名心实（佐藤聪美 配音）、个性活泼开朗非常热爱广播事业的樱井明音（佐藤利奈 配音）、看上去非常冷淡但是实际上拥有一颗炙热心灵的村上文绪（名冢佳织 配音）、虽然是来自法国的留学生，但是对日本的一切文化都充满了好奇心和热情的克洛伊·勒梅尔（丹下樱 配音）、对可爱的女孩子完全没有抵抗力，到哪里都带着单反照相机的望月艾蕾娜（原田瞳 配音），被这些个性迥异的女生们环绕的日常就此拉开了序幕。
科学家本（Zach Galifianakis 饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（Bill Nighy 饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹 Penélope Cruz 配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）等成员迅速展开行动。 这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……
某年夏天，六年级小学生裕太（武井证 配音）独自来到位于深山的萤之丘水库。当年他曾和父亲来到这里捉独角仙，一年前父亲意外去世，曾留下无数美好回忆的水库，对他来说自然别有一番意义。在此期间，他遭遇罕见的暴雨，结果不小心跌落水库。幸运的是裕太成功获救，在一个古色古香的小村庄里，他结识了可爱天真的小女孩纱荣子（木村彩由实 配音）。偶然间裕太发现，自己正身处昭和25年（1950），而这里正是后来沉入水库的小村庄。意外穿越时空三十年，对裕太来说究竟意味着什么呢？ 本片根据网络作家川口雅幸的同名原作改编。
