东京都高度育成高中，是以升学率、就业率100%为荣，每月支付相当于10万日元金钱的梦想学校。但是，其内在是只有一部分成绩优秀者才能得到好待遇的实力至上主义学校。 迎来第3学期，从D班晋升为C班的绫小路等人前往林间学校。在那里实施的是被称为“混合集训”的全年级联合进行的特别考试。就像它的名字一样，按男女分开，必须结成由多个班级人员混合的小组，以该小组为单位进行评分的考试。 如果不与一直以来作为敌人而竞争的其他班级的学生们合作，就无法获得高分，而且最重要的是，在没有达到分数线的小组中将有人退学。 动荡的第3学期即将拉开帷幕！
《Fate/stay night [Unlimited Blade Works]》分割放送的第二期圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的七名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与七名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这七组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与Servant中的剑士Saber订定契约，被卷入圣杯战争当中……
反对Salem的盟军比以往任何时候都需要团结起来。 但是在Ironwood拒绝继续疏散Mantle之后，我们的英雄们需要选择一条新的前进道路-只要他们能达成共识
