《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
故事发生在一颗名为阿莫伊的遥远行星上，在这里，所有的一切都被掌控在一台名为朱庇特的超级计算机手中。为了培育出更优秀的“孩子”，朱皮特直接操控基因，于是，一批金发白肤的“社会精英”们被创造出来成为了人类的管理者，他们虽然强悍，但各个冷酷无情。 生存的空间被尽数夺去，人类只能如同蝼蚁般的活在贫民窟之中，靠着武力和集结帮派争夺着为数不多的资源，里奇（伊藤健太郎 配音）就是其中的一员。一次偶然中，里奇遇见了名为伊亚索（大川透 配音）的男人，伊亚索完美的相貌和耀眼的金发向里奇昭示了两人阶级之间的巨大差距，可就是这样的两个绝对不可能在一起的人之间，竟然发展出了一段充满了纠葛的感情。
异世界的勇者凰泽晓月成功的打倒魔王之后，决定回到自己的世界，可是身边却多了一个魔王的女儿。原来魔王在临死巩辨祖之前，将独生爱女托付给晓月。回到原先的世界之后，晓月在政府的安排之下进入专门收容异世界回归者的学校就读，却意外的被卷入一场世纪大阴谋之中。
高一那年夏天，帆高（醍醐虎汰朗配音）离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女阳菜（森七菜配音）。「等等就会放晴了喔。」阳菜这样告诉着帆高，不久，头顶的乌云逐渐散去，耀眼的阳光洒落街道……原来，阳菜拥有「改变天气」的奇妙能力……
城市的一角，有家白熊咖啡厅。经营他的主人自然是白熊（樱井孝宏 配音）。客人从人到动物，无所不有。其中的常客当属熊猫（福山润 配音）和企鹅（神谷浩史 配音）。他们时常坐在吧台边，边喝咖啡边说着新鲜事。 熊猫在动物园做兼职，爱好是打滚吃竹叶，希望整日都可以懒懒散散的，害怕被妈妈用吸尘器吸。企鹅先生暗恋面包店的企鹅小姐，为了有朝一日带其兜风学了驾照，酝酿着告白，殊不知告白后的惨状。白熊时不时插上冷笑话，故事多多，难辨真假。除此之外，白熊咖啡厅里还有总被人忽视的羊驼、开酒吧骑机车的灰熊、打工的笹子小姐、动物管理员半田先生以及熊猫控的花店老板林林……大家围绕着白熊咖啡厅，上演着萌点满满的治愈系故事。
