故事发生在2017年，利用仿生技术改造的武装力量“尖兵”早已经渗透了国家安全网的方方面面，琉璃（山新 配音）身为第三代尖兵，因为身体的超负荷运作，只剩下一年的时间了。在此之际，琉璃接到了一个特殊的任务，保护一位名叫孙浩轩的男子（叮当 配音）。 孙浩轩是电子器械方面的天才，并且有着异于常人的自愈能力，暗示了他所拥有的特殊身份。孙浩轩喜欢着学姐白桦（洛如妃 配音），然而白桦的真实身份却是第五代尖兵，她受怀特博士的指使，为了某种使命接近孙浩轩。琉璃和孙浩轩的相遇彻底改变了两人的命运，亦改变了这个世界的未来，在此过程中，冷漠内向的琉璃渐渐爱上了正直善良的孙浩轩，并最终用这份爱拯救了身陷险境的孙浩轩。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
シリーズの基礎となる最初に製作されたOVAシリーズ。 第三期は2003年 - 2005年に製作された。VAP・日本テレビに移籍後に制作された。全6巻+1巻。 封印されていた鬼、魎呼を復活させ、様々な事情で地球にやってきた宇宙人たちに振り回される日々を過ごす天地だったが、今度は樹雷王国の力の謎を解き明かそうとする悪の科学者・神我人の陰謀に巻き込まれていく…
