突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
这是一个设定在乡村场景下，却属于我们所有人的童年故事。剧情贴近真实的社会背景，既有现实生活中普通人的希望和追求，也有他们的焦虑和苦恼。在快速发展的工业化、城市化进程中，中国的城市和农村发生了翻天覆地的变化，也随之出现了很多新的社会问题。故事中许多社会现实背景，包括城市教育问题带来的普遍焦虑、自然缺失、乡村教育现状、留守儿童、移动互联网发展、新农村建设等等，都构成了作品中小主人公们的活动场景。剧情内容围绕中国孩子的童年故事，引发孩子和大人的情感共鸣。人们的日子过得越来越红火，可是乡村不再平静，不管大人还是孩子，每个人都需要重新适应环境，不断成长。
