全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
我一定会拯救你。 菜月昴打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当的贝特鲁吉乌斯·罗曼尼康帝，并与爱蜜莉雅重逢。两人在经历苦涩的诀别后终于和解，但那却是新的波澜的开端。 超乎想像、走投无路的危机，以及无情袭来的现实。 少年再次面对残酷的命运。
故事发生在一个虚构的奇幻世界中，在这个世界里，每个人一出生起即拥有一本生命之书，所有人的一生，都会顺应着书中所写的脚本按部就班的发展下去。埃克斯（逢坂良太 配音）是其中的异类，因为他的生命之书竟然是空白的。为了寻找自己命运的线索，埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜（上田丽奈 配音）、好爽奔放的强壮青年塔奥（江口拓也 配音）、我行我素不拘小节的少女诗音（久保田未梦 配音），一路上，埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们，在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。
