乡村平凡少年王林，为了心中不屈的信念踏入仙门修行，克服天资不足的困境，逆流而上，积极面对苦难与挑战，不断突破自我，最终将命运始终牢牢地把握在自己手中！
时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人，在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后，怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死，现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
万年之前，仙王牧云因持有诛仙图而遭人暗算，残魂沉睡万年之后，在天运大陆南云帝国有名的“废物牧云”身上觉醒。牧云初醒，就受到了学生妙仙语的刻意刁难，牧云轻松的就化解了妙仙语的陷阱，并举一反三的说出了更多的炼丹技巧，让门外的炼丹大师莫问赏识不已。回到家中，牧云得知了要与秦家小姐秦梦瑶结亲的消息。秦梦瑶寒毒在身，活不过二十岁，结亲不过是为了牧家和秦家的利益。但牧林辰的劝说下，牧云以炼丹为条件，答应了这门亲事。炼出了淬骨丹，牧云的修为有了第一次提升。莫问时常来找牧云请教，而秦时雨一直想请莫问来治疗孙女秦梦瑶。莫问暗示让牧云一试，牧云阴差阳错下唤醒了体内的诛仙图，得知秦梦瑶体内的并非寒毒，而是冰凰神魄。牧云治好了秦梦瑶，冰凰神魄的力量使得秦梦瑶修为突飞猛进。在见识到了牧云的能力后，秦梦瑶对牧云充满了好奇和兴趣，于是成为了北云学院的导师，和牧云教导同一个班级。而追求秦梦瑶不成的东方玉，嫉妒仇恨之心燃起，誓与牧云势不两立。 牧云借着诛仙图突破修为，去北云山脉历练，妙仙语执意同行，途中牧云以一人之力猎杀十几头紫毛猎狼，让妙仙语十分震惊。而被人指派暗杀幕运动柳山四煞一路尾随，趁牧云脱力之机会，纷纷现身准备对牧云下手。
因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。
舞会中，史卡蕾特被第二王子凯尔宣告解除婚约，更被加诸莫须有的罪名以及〝恶役千金〞的称号，陷入遭众多贵族谴责的窘境。 至今为止不断忍耐着的她，已经受够和愚蠢的凯尔继续交往了！ 怒上心头的史卡蕾特说出自己的请托——『请问方便让我在最后将各位打得落花流水吗？』
表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。 在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
2012年12月20日に発売されるコミックス第16巻プレミアムアニメDVD付き限定版に収録予定（約20分）。内容は「ロマンチカ」編、「エゴイスト」編、「テロリスト」編の3本立て。
