平稳的日子――其实暗藏着秘密防范犯罪的秘密组织――“DA（Direct Attack）”。作为特工的少女们“LYCORIS”。有着历代最强的LYCORIS之称的・锦木千束、优秀的LYCORIS・井之上泷奈，在咖啡厅“LycoReco”支部工作。这里接受的订单从订购咖啡和甜点，到照顾小孩、代购、面向外国人的日语老师等请放心交给“LycoReco”自由自在的乐天派、和平主义的千束与沉着冷静系、效率主义的泷奈二人跌宕起伏的混乱日常正式上演！
影子特工再度来袭！宝石族精灵竟然成了关键所在！东方桃子与伙伴们一边为救治师父森木宇冲击仙蜜试炼赛冠军，一边暗中追查潜伏在参赛者中的卧底，可她并不知道，一个为她量身打造的致命陷阱已在前方静静等候，而这一切竟然牵扯着千年前黑星卡师的秘密。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
青年·下吕担任家业延续数百年的杀手『用毒人』。 从事见不得光的工作，又不擅长跟女性交流，他认为自己不该结婚。 然而，为了延续『用毒人』的血统，老家宣布将强制要求他的妹妹生下接班人。 此时，下吕遇见了原本是工作目标的婚姻骗子‧城崎…？ 「那样的提案〈求婚〉，还是头一遭。」 把婚姻骗子当成提供建议的人，展开了杀手的婚姻活动！
女高中生安海相非常喜欢看漫画，尤其是 ☆野0 的《机器太与狸太》。国文老师手岛斥责她是浪费生命、声称漫画都是虚构，在没收漫画后，手岛指出漫画产业遭逢的困境，但安海表示自己确实按照漫画中描述的方式交到朋友。之后安海得知 ☆野0 将推出续作，便独自到 Comike 购买新作，发现 ☆野0 即是手岛老师，便恳请他教自己画漫画。
The Spy Racers get caught up in playing a new virtual reality video game. But fun turns into frustration when Tony doesn't act like a good teammate.
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
