《茶啊二中第六季》时间线来到初三，欢乐的校园日常仍在继续，孩子们迎来了老师、家长们更多的“关爱”，也面临着新的成长挑战，这一季中，大家在校园和家庭生活过程中发生的点滴小事里，凝聚了师生情、友情、亲情的力量，展示了一群平凡却又特别的初中生有笑有泪、真挚动人的青春成长故事。
十年，最后的最后
以传奇杀手坂本太郎为主角，金盆洗手的他与亲爱的家人平静度日，没想到有刺客接连来袭，幸福家庭生活恐将好景不常。这下子坂本太郎必须与伙伴联手，守护他的幸福日常。
由于一次意外，篮球健将长谷川昂（梶裕贵 配音）所隶属的篮球部被暂停活动一年。失去了最心爱的篮球，小昂的生活开始浑浑噩噩起来。经过阿姨篁美星（伊藤静 配音）的介绍，失意的小昂成为了私立慧心学园小学部的篮球教练。当小学部的篮球教练有什么意思？！虽然心有抵触，但小昂还是上岗了。 经过了一段时间的训练，小昂曾经瞧不起的女子篮球队居然爆发出了惊人的势力。稳重大气的凑智花（花泽香菜 配音），活泼可爱的三沢真帆（井口裕香 配音），个性爽朗的永冢纱季（日笠阳子 配音），别看她们的身板单薄，但各个都有着出人意料的长项。小昂对于篮球的热情被重新激起了，他们的目标是——向县篮球大赛冠军进发！
高中一年级学生，小牧嬉歌。不擅长的事，有许多。 喜欢做的事，唱歌。 为了追求普通人的青春，在升入高中时尝试改变形象加入轻音部，但胆小的性格导致了最终以失败收场。 在失意之中，嬉歌遇见了只用人声创作的音乐【阿卡贝拉】。只有通过重叠的声音才能彼此相连的，少女们不美好的青春就在那里。 ――不闪耀，亦青春。
埼玉县，新越谷高校。这年春天入学的武田咏深，在那里与儿时好友的山崎珠姬重逢。中学时代，由于没有捕手能接住咏深的球，因此她那激烈变化的“魔球”无法投出，于是中途放弃了棒球。但在强豪队伍中磨练了实力的珠姬，成功地接下了咏深的变化球。实现了幼时的约定，再次相遇的两人，与同班的川口姐妹及其他同伴们一起让停止活动中的棒球部复活。目标是全国！新生·新越谷高校棒球部的挑战从这里开始——
