《雄兵连》系列是国内首部3D军事科幻题材动漫作品，《雄兵连3雷霆万钧》为该系列故事最新续作，剧情承接上一季，讲述地球与天使阵营结盟，共同对抗外星恶势力的故事。
作为侯爵家的四子诞生的少年范恩自幼便被称为神童，备受期待。8岁时，他获得了被认为是毫无用处的「生产系魔术」。因此，他被父亲认为不配作为贵族，并遭到家族流放。因此，范恩被父亲认为不适合作为贵族，并被贴上失格的标签，随后被逐出家门。之后，范恩成为了一个无名边境村的领主，然而这个看似没用的生产系魔术，其实只要有材料就能生产任何东西，潜力惊人。在范恩的带领下，原本贫瘠的小村庄逐渐吸引各方人士，最终发展成为一座巨大的都市。
蜷川亚室（丰崎爱生 配音）自幼生活在海边，有着了不起的游泳技术，是一个个性活泼开朗的女生。今年，她就要转入著名的县立海商高等学校开始新的学习生活了，会有怎样的好运等待着她呢？一进入学校，亚室即选择了自己热爱的游泳部，没想到，有用不的经理人兼部长冲浦要（丰永利行 配音）居然是一个连水也不敢碰的旱鸭子。 在游泳部里，亚室认识了很多志同道合的好友：坚强好胜的织冢桃子（生天目仁美 配音），个头矮小长相幼齿的生田莳辉（清水爱 配音），表面清纯内心却十分好色的静冈魅玲（福井裕佳梨 配音）。在亚室的支持和鼓励下，冲浦要也渐渐的开始尝试从前十分恐惧的游泳运动。而他和亚室之间的关系，似乎并不是部长和部员这么简单。
