全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年千空苏醒了。 从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！，在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界。
我开始能看见那个在意女孩的好感度了——。迟迟不敢向青梅竹马茉莉花告白、优柔寡断的北见彼方，对着流星许下了强烈的愿望。"希望能像恋爱游戏一样，看到对方的好感度啊~~~!!"结果从第二天开始，他的视野里就出现了浮现在班上女生们头顶的好感度计量表……!?虽然感到困惑，他还是怀着期待与不安确认了茉莉花酱的计量表，上面显示的，竟然是突破了底线、滴落着粘稠黑泥的坏掉了的好感度计量表——!?"茉莉花酱，明明讨厌我，为什么一直以来都对我那么温柔呢？"面对残酷的现实，他开始思考她至今为止言行背后的真相。究竟，"腹黑可爱"的茉莉花酱隐藏的真实想法是什么？她是真的讨厌主人公，还是计量表的显示藏着什么秘密？在计量表所指示的"地狱"尽头，等待着他们的真爱归宿究竟会是何方!?
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
