乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯······
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
中学理科老师矢的猛（长谷川初范 饰）是一名心中充满了正义感和责任感的有志之士，对于曾经四处作恶搅得人心惶惶的怪兽，矢的猛深信其实是来自于人类的负能量造就了它们，因此，作为一名老师，矢的猛一直都致力于教导学生们什么是正义，什么是邪恶。 可是，矢的猛的一己之力实在微薄，怪兽克莱圣特重现人间，给地球带来了重大危机，UGM得知此事，派出了爱迪奥特曼来到地球惩奸除恶。在大山一树（中山仁 饰）和伊藤顺吉（大门正明 饰）的邀请之下，矢的猛加入了他们的队伍，展开了和克莱圣特的殊死搏斗。面对格外强大的敌人，矢的猛是否能够凭借自己的智慧和勇气，获得最终的胜利，保卫地球的和平呢？
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
