宇宙某处的行星“H12” 这颗与地球极其相似的星球，某日遭到了来自外星的宇宙怪兽袭击 在星球崩毁、走向灭亡之际，一名外星人独自逃往了地球 他的名字是“提欧”——一个孤单的外星灵魂，终将蜕变成“奥特曼” 他化身为明心大学兽医学部兽医学科三年级的学生“光石息吹”。尽管他仍难以适应地球人的常识，但却能与心爱的动物们心灵相通，过着平静的大学校园生活 然而，曾经摧毁他家乡的宇宙怪兽突然现身，地球危机迫在眉睫 当“想要守护”的强烈念头，振奋了那颗畏惧过去记忆的心时，耀眼的光芒将息吹的身姿变成了——蓝色的光之巨人！
“新晋社畜”段佳泽，继承了一家濒临倒闭的动物园，然而被迫签订的一纸合约需要让他以生命为赌注，在短时间内扩大其经营规模；还迎来了一众合约附加的派遣员工：三足金乌“陆压”；九尾狐“有苏“；蛇精“白素贞、小青”等；从此，段佳泽便开始了操碎了心，但似乎又乐在其中的创业之旅…
吉田优子（小原好美 配音）本是一个非常平凡的女子高中生，哪知道在机缘巧合之下竟然觉醒了隐藏在血脉中的魔族力量。祖先莉莉丝（高桥未奈美 配音）现身在了吉田优子的面前，告诉吉田优子她有责任去打败魔族最大的敌人——光之一族的巫女。由于光之一族的诅咒的影响，导致吉田优子一家人永远过着贫苦的生活，这么说来，吉田优子打倒光之一族，不仅仅是为了魔族的荣誉，其实也是为了自己。 吉田优子的对手是名为千代田桃（鬼头明里 配音）的魔法少女，和千代田桃相比，吉田优子的魔力显然要弱得多，因此屡战屡败。也就是在屡败屡战的过程中，吉田优子竟然和千代田桃之间发展出了一段令人啼笑皆非的友谊。
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
