学園ヴァンガード！？ この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。 アイチの通う学校は優秀な生徒たちが集まる名門として知られる宮地学園高等部。ヴァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。 入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。
边见瑞纪（下田麻美 配音）的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周（土田大 配音）。一日，瑞记偶然打开了一本名叫《蜘蛛怪异闻》的古书，没想到，一只娇小可爱的蜘蛛娘（金田朋子 配音）从中掉了出来。蜘蛛娘告诉瑞纪自己曾被一个阴阳师所救抚养长大，后又被封印在书中，而砚周就是那位阴阳师的转世。砚周很同情蜘蛛娘的遭遇，收留了她。但一名古籍师告诉砚周，蜘蛛娘是非常危险的生物，只要接近她就会在不知不觉中被迷惑从而丧生。 不听劝告的砚周决定将蜘蛛娘送回到她的母亲所在的地方，那是一幢阴森的古宅，里面有一只巨大的蜘蛛正匍匐在黑暗中等待着它的猎物。
