环境恶化导致了自然灾变，原有的世界秩序陷入混乱。贺将年少时便跟随父亲贺长风在新萨科城开卡车谋生，东邦流民在优人恐怖组织的压迫下艰难生存，忍无可忍之下，她决定带领乔七、刘战等东邦人兄弟一起奋力反抗。
小桃与厄卡伦踏入神秘温泉小镇，极具威胁的敌人即将现身……
鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。 鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。 此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。
2014年3月27日發售的動畫「某科學的超電磁炮s」公式視覺書同捆新作的OVA動畫「重要的事情全部是在公共浴室里學到的(大事なことはぜんぶ銭汤に教わった)」。
