在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
宁缺穿越到一个似是而非的大唐世界，却发现此处为处处惊险的修行世界，原本以为自己可以从此吃香喝辣，一跃成为人上人时，他却发现自己既没有任何修行天赋，而且从四岁开始就家破人亡亲眼目睹灭门惨案，更被千里追杀。在逃亡路上他在尸山血海中捡到了一把黑伞，以及身为婴儿的桑桑，绝望的他找到了活下去的动力，不甘心向命运低头的他带着这把大黑伞和桑桑开始了惊心动魄的逆袭之路。
沧南危机解决后，林七夜完成津南山为期一年的守夜人集训考核，成为了正式的守夜人后，重回136小队，与伙伴再度开启一场与古神教会的崭新较量……新的西方邪神亮相，人类天花板齐聚沧南，一场巨大的灾难风暴正悄然酝酿成型。
