1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
散华礼弥（内田真礼 配音）本该是一个快乐活泼的女孩，可是与亡母过分想象的外貌激发了父亲散华团一郎（石冢运升 配音）超限度的溺爱和束缚，这让礼弥感到痛苦万分，甚至因此而失足从悬崖上摔落而死。没想到，礼弥的死却促成了她和偶然间邂逅的少年降谷千紘（木村良平 配音）之间的一段缘分。为了使爱猫复活，对僵尸极其狂热的降谷研发了一种怪异的药剂，他将这种药剂用在了已死的礼弥身上，没想到，礼弥居然以僵尸的形式重生了。 就这样，僵尸礼弥顺其自然的成为了降谷家的寄宿者，而为了使礼弥能够重新成为普通的女孩，降谷开始为了研究新的药剂而开始了奔波。
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
問題學生山田龍因為意外與優等生白石麗接吻， 導致兩人的身分對調！ 陸續發生問題、充滿快樂、由接吻拉開序幕的校園愛情喜劇，開課了！
在人类的心理状态和性格倾向都能被数值化的未来。所有的感情、欲望、社会病态心理倾向等全部被记录并管理，大众以“好的人生”作为目标，竭力于数值性地实现它。所有的监控摄像头都已经被升级和联网到一体，通过监视人类的色相浑浊程度和声音、视频等信息用来计算人类的每个心理状态和个性倾向所衡量的值，通称：（即片名：心理测量者PSYCHO-PASS），它被用作判定人们的思想应有PSYCHO-PASS状态、个人精神本身。通过计算这些数值，系统可以自主断定一个人最理想的工作，感情，心理压力，甚至犯罪意图。因此，为让大众达到“理想的人生”这个指标，人们实现这些数值就变得非常积极。然而，有关犯罪的数值，也就是“犯罪指数”也会被测量，当然犯罪者亦是如此。因此，人们需要不断地保证自己的指数在正常范围，否则会被系统认为是潜在犯，将会被"矫正"。而同在监视下维持治安的工作的刑警被分为抓捕犯人们的行动部队“执行官”、以及监视指挥执行官们的“监视官”一起合作执行任务。优秀的“执行官”自身就有着相当高的犯罪系数，从矫正设施挑选出来除了当执行官别无其他选择，但正是因为这样才能够接近犯罪根源。因为“执行官”也有着可能孕育成犯罪者的危险倾向，所以就需要对搜查行动有着冷静的判断力的精英“监视官”来监视。安全局刑事课第一分队的成员各怀想法，虽然发现自己的所作所为常常会与真正的正义相悖却不得不在监视下继续执行任务。同时在处理案件时正在一步步地发觉和探索管理人类这些数值的系统——Sibyl System的真面目。他们所面临的彼岸将会有着什么？
