在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。 那是世界大战之后雨下个不停的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市“封印都市”。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。 “恭喜您！您正正好是250万个客人！” 对突然出现的机器人进行警戒的男人·“废墟猎人”。以自城市回收贵重物资作为生计的他，正为了生存潜入'封印都市"，被在都市中徘徊的战斗机械的袭击，而误入了这个天文馆。 “要来观赏一下天象仪吗。无论何时都不会消失的美丽的无尽的星光……。漫天的星星们正在等着大家呢” 在大战的影响之下，连星星都无法再看见的濒临毁灭的这个世界，他究竟在那里看到了什么。一年之中只有7天能够运行的机器人少女，苏醒的那一天正遇上那偶然的到访。 奇迹就这样发生了……
故事发生在二十一世纪初叶，全球气候持续变暖，融化的冰山淹没了大部分陆地，与此同时，名为“雾之舰队”的战舰群从天而降占领了海域，人类的生存空间逐渐遭到蚕食。千早群像（兴津和幸 配音）是一名士官候补生，某日，一艘名为“伊401”的潜水艇出现在了她的面前。就这样，群像成为了潜水艇的驾驶员。 皮肤黝黑大大咧咧的橿原杏平（宫下荣治 配音）、温婉可人足智多谋的八月一日静香（东山奈央 配音）、带着面具十分神秘的织部僧（松本忍 配音），活泼可爱身手敏捷的四月一日伊织（津田美波 配音），一群怀抱着拯救人类之重大理想的战友们聚集到了潜水艇之中，为了夺回本该属于人类的领地和敌人展开了激烈的战斗。
Ruby, Weiss, Blake, Yang和她们的朋友们将知识圣器带到了Remnant最北边的Atlas王国。但是这个未来主义的城区和周围充满了Grimm的苔原潜藏着一样多的危险。在这里大家联合起来对抗Salem的势力，然而当不知道到底该信任谁的时候，这个联盟也走向了撕裂。
