再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼
每天过着社畜生活的上班族佐佐木，唯一的慰藉就是常去超市的收银员山田。某天疲惫不堪的他再次前往超市寻求治愈，却发现山田刚好不在。郁闷的他试图通过抽烟缓解压力，却怎么也找不到吸烟区，还被路人投以嫌弃的目光。就在这时，一位穿着奇特的田山女士把他带到了超市后面一起抽烟。从此，他便经常跑来和田山一起吞云吐雾、谈天说地。然而这位田山女士的真实身份竟然是......
立藤美学园，仅仅因为一个入侵者——“它们”，而化作了地狱的坩埚！“它们”袭击人，咬人，产生出新的“它们”席卷了整个学园。在化成恶魔的世界的学园内，小室孝和青梅竹马宫本丽、朋友井豪永，暂时去避难。但是，为了保护丽而被“它们”咬的永却变成了“它们”……剩下来的两人，与其他幸存者，同级同学高城沙耶、平野户田、剑道部主将毒岛冴子、校医鞠川静香汇合，下定决心逃出学园！他们有办法活下来吗！？
东城刃更（中村悠一 配音）是一名平凡的高中男生，一直以来和父亲过着相依为命的生活。某日，父亲突然跟他谈起了妹妹的话题，一向不按常理出牌的父亲的这一举动令刃更感到十分紧张。果不其然，父亲宣布了他再婚的消息，并且带回了两个可爱的女孩，她们现在便是刃更的妹妹了。拥有魔鬼身材，个性傲娇而又逞强的成濑澪（朝井彩加 配音），长着一张可爱脸庞却总是说出令人大跌眼镜的话语的成濑万理亚（福原香织 配音），就这样，刃更开始了和两位义妹住在同一屋檐下的生活，更要命的是，父亲竟然抛下三人独处，自己出差去了。令刃更没有想到的是，澪和万理亚的真实身份，竟然是新科魔王和梦魔，而刃更则在误打误撞之中成为了她们的主人。
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……
