全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
已经是第二次报考东大的景太郎（上田佑司 配音）又失败了，而他记忆中的青梅竹马此刻或许就在东大里等待着他来完成童年的约定。因此，景太郎的第三次东大征程决定了。由于家人的反对，景太郎忍痛离家出走。景太郎的外婆经营着一家名叫“雏田庄”的旅馆，这就是景太郎此次投奔的目的地，但是他不知道，此时的雏田庄已经成为了女生专用的宿舍，而他的第一次光临，就撞见了一丝不挂的住宿生成奈川奈留（堀江由衣 配音），从而引出了一个有笑有泪的爱情故事。 在莫名其妙的状况下，景太郎成为了雏田庄的主人，而他所要面对的，是数十个“如狼似虎”的年轻女性。在应付她们的同时，景太郎还要保证自己“东大学生”的伪装不被拆穿，景太郎觉得，他和那个在东大等他的女孩之间的距离似乎越来越远了……
故事发生在一个虚拟的奇幻世界之中。在这里，相对应的两人将手牵在一起，所产生的心灵连结“宁录”能够成为拥有着强大力量的武器。在传说中，这个世界上存在着掌控着一切的神，只要将神打败，就能够实现内心最强烈的愿望。长久以来，握手者们都将打败神作为目标，不断地战斗着，而一切因果的汇聚点就在大阪。 高槻手纲（齐藤壮马 配音）是对机械十分着迷的男子高中生，一次偶然中，他在研究室里邂逅了昏睡中的少女芥川小代理（诸星堇 配音）。手纲牵住了小代理的手，想不到小代理竟然从昏睡中醒来，两人成为了搭档。
小师爷生长在江南古镇绍兴，在东方文化和老师爷的熏陶下，他立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。绍兴城中突发了几起盗窃案，并且作案手段一致。全是利用神仙粉使人神智不清，盗取钱财。因为受害者都不记得之前的事，小师爷只能地毯式搜索查找线索。查到孙氏米粮店时，孙不出的古怪行为引起了小师爷的注意。
