大千世界，位面交汇。 万族林立，群英荟萃。 一位位来自下位面的天之至尊，在这无尽世界，演绎着令人向往的传奇，追求着主宰之路。
千早瑠依（古川慎 配音）和千原狮音（山本和臣 配音）是一对好朋友，两人常常结伴去搭讪女孩，因为他们英俊的外貌，搭讪行动大概率会以成功收场，这令两个男孩感到非常的骄傲。一天，狮音和往常一样，在海滩上释放他的费洛蒙，哪知道一个神秘的女人一直在暗处偷偷的盯着他。 神秘女人给狮音下了药，令狮音成为了女孩子。狮音绝望的得知，他必须吸收男子的精华，才能够重新恢复男儿身，可如果恢复男儿身的他损失了一定数量的精华后，他将再度变回女孩。很快，瑠依就知道了狮音的秘密，哪知道，这个离谱的男人竟然对变成了女儿身的好友垂涎欲滴。
裁判官死后，幽灵号船员和其他义军单位取得了联系，一位名叫阿索卡的新盟友出现了。但随着邪恶的达斯·维德来到洛塔，局势再次紧张起来。
路德在天界是住在由罪犯的后代所居住的贫民窟里，他从小就被父母抛弃，后来被雷古特抚养长大。路德的双手不知为何有严重的烧伤，于是雷古德给了他一双手套遮住伤痕，而路德也非常珍惜这双手套。路德非常爱惜旧物，常常去天界人垃圾堆捡还可以修补的旧东西。但是有一天，一个神秘人闯入路德家并杀死了雷古特，路德被误认为是凶手，所以被判丢下奈落之刑罚，路德本来以为自己会死，没想到因此来到了下界……
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
