新时代的假面骑士，觉醒了。 他的名字是…… 假面骑士ZZZ。 新假面骑士，是在梦境世界战斗的特工！ 普通的青年在梦中摇身一变成为“无敌的特工”，守护人类，对抗侵害现实世界的噩梦怪人“梦魇”！ 来吧，任务开始！
为了培养下一任皇妃，从五大名门中召集了公主们聚集的宫殿——『雏宫』。 名门之一的黄家之女，美丽聪慧的玲琳，作为“殿下的蝴蝶”备受众人喜爱。 然而在乞巧节的夜晚，她与被称为恶女、遭人厌恶的朱家之女慧月，被对方互换了身体。 当她意识到时，已被宣告即将执行处刑，陷入绝境。 但自幼体弱多病、一直与死亡为邻的她，反而为获得了健康的身体而感到欣喜—— 看似悲剧的互换，拥有钢铁般意志的玲琳，即便被放逐到破屋，也尽情享受自由，对于那些企图取她性命的人，她用天生的开朗与温柔感化他们，一次次跨越逆境。 另一方面，原本嫉妒憎恨玲琳的慧月，在接触到玲琳真实的人品后，内心也开始动摇—— 在彗星闪耀的夜晚互换了身体的两人。 从那天起，她们的命运发生了巨大的转变，最终被卷入动摇后宫的阴谋之中。 性格截然相反的少女们上演的后宫“互换”逆袭剧，盛大开幕！
在新季节里，三云队为了晋级A级以及选拔远征部队而参加B级等级战的时候，受到了近界最大军事国家阿富特克拉德命令的附属国加罗普拉出现，急袭本部。 从被绝密召集的边界精锐部队的迎击战中拉开帷幕。 从率领着大量特立恩兵的加罗普拉的进攻中，边境能守护本部吗！？ 随着动画的发展，动画世界也越来越热闹。
2016年日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次确认以来已经过了数月，其正体仍未判明，人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的是被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。对此感到焦躁的日本政府为了解决突然出现的Phenomenon而组织了特殊部队。总务省情报管理厅管辖扩张现实特殊战略队群特别攻击队——又名扩张少女系三重奏。
