1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
故事组要描述在与袭击人类的异次元体"NOVA"的战斗中失去了姐姐的少年--青井和哉，被转入了对异次元体NOVA的作战专门学校--杰尼提克斯学院。那里是为了将来与NOVA战斗、少年少女们学习战斗技巧的地方。在转学当天遇到背影神似姐姐的校园女王莎缇莱萨的瞬间，和哉的人生就此发生转变--充满爱情和热血的SF斗剧，在这里绚烂开幕!!
十年前，几乎毁灭世界的大灾难中，卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救，成为其养子。 十年后，士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”，而每日不停的进行魔术锻炼。 偶然的一天，士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”，胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是，七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。 卫宫士郎深知，十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的，为了避免悲剧再次发生，他与自己的“英灵”Sabar一起，投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。
当宁远发现自己被困死牢灯塔，钉墙不断逼近，而一墙之隔还关着女医学生苏瑾……奋力逃生并如约救出苏瑾后，坠海、失忆、面对敌人，一系列危险接踵而至，只有小学五年级记忆的宁远和善良胆小的苏瑾，在友情和义气、背叛与猜忌中如何自保？ 魔术师、医学生、香港黑道、日本总裁……身份 各异素未谋面的人一梦惊醒，发现已经身陷荒岛，无法联系外界的他们面对种种危机，如何逃生？原始部落、神秘文明、变异病毒、诡异生物，在这座死亡之岛上无从梦中醒来的宁远，发现自己被关入死牢，除了不断靠近的钉板墙和同囚的女性，他一无所知。好不容易逃离死牢的他发现自己被送到了迷域之中的杀戮游戏中，要如何才能逃离迷域，逃离这个死亡游戏？
