故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
在日本这一“怪兽大国”，人们的日常生活遭受着怪兽的无情破坏。 主人公日比野卡夫卡，小时候住的城市遭到破坏，他与青梅竹马亚白米娜做出了“将怪兽全部消灭”的约定。 然而，32岁的卡夫卡梦想破灭，就职于一家怪兽尸体解体公司“怪兽清洁公司”。 相比米娜作为日本防卫队队员而日渐活跃，卡夫卡每天都过着忧郁的生活。 过来打工的市川莱诺告诉他，防卫队的年龄限制将会提高，并劝他去参加入队考试。 于是重新下定决心的卡夫卡，却突然受到神秘生物的侵蚀，身体开始怪兽化，被称为“怪兽8号”。
东京——『晓特区』。 这个国家新成立的经济特区预定地，将行政权让渡给了大企业『先岛Holdings』。围绕着仅适用于特区内的减税等权利，敌对企业策划种种阴谋，并最终爆发了大型暴动·晓抗争。内政荒废，先岛Holdings也解体。晓特区成为了国家自治也无从实现的无人管理地域。 有一群男人守护着化作无法地带的这座城市。 拥有封印着凶暴神兽之力的刺青「神圣刺青」的人类，通称为『SCARD』。他们各自拥有固有的特殊能力，以及能够将一切攻击无力化——如子弹在命中身体之前就被弹开，刀剑则会被粉碎——的防御力。 利用刺青能力守护城市的「赫利俄斯」、守护组织的「阿耳忒弥斯」、守护秩序的「公安特务」成为新兴势力，镇守于晓特区。 虽然微弱，但抗争仍在每天持续发生，即使如此他们仍然贯彻自身的「正义」。 他们在如此动荡当中生存——这是描绘他们理所当然日常的物语。
网游荣耀中被誉为教科书级别的顶尖高手叶修，因为种种原因遭到俱乐部的驱逐，离开职业圈的他寄身于一家网吧成了一个小小的网管，但是，拥有十年游戏经验的他，在荣耀新开的第十区重新投入了游戏，带着对往昔的回忆，和一把未完成的自制武器，开始了重返巅峰之路。
