为从美杜莎女王手中夺取异火，萧炎在药老陪同下前往蛇人族居住的塔戈尔沙漠。却因口渴误闯绿洲，引来蛇人族高手月媚追杀。没有药老逆天协助的萧炎，眼看要被月媚杀死，生死存亡之际，幸得一位蒙面斗皇相救。不料蒙面斗皇一行人也为异火而来。美杜莎女王拒绝古河交换异火的条件，蒙面斗皇戳穿女王此刻是能量体，而真正的女王在某处准备吞噬异火，进化为斗宗。蛇人族攻击冒犯女王的古河等人，萧炎也在混战中感知到异火行踪，潜入女王所在的地心岛……
在新季节里，三云队为了晋级A级以及选拔远征部队而参加B级等级战的时候，受到了近界最大军事国家阿富特克拉德命令的附属国加罗普拉出现，急袭本部。 从被绝密召集的边界精锐部队的迎击战中拉开帷幕。 从率领着大量特立恩兵的加罗普拉的进攻中，边境能守护本部吗！？ 随着动画的发展，动画世界也越来越热闹。
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
