故事发生在唐朝末年，时局动荡，无论朝中还是民间都人心惶惶。隶属于官府的神秘组织“不良人”全体失去了踪迹，同样下落不明的，还是价值连城的国库宝藏。传说中，一切的秘密都隐藏在龙泉剑上，得到了龙泉剑的人，便拥有了掌控天下的能力。 李星云自幼失去了父母沦为孤儿，被善良的隐士阳叔子收养，跟随着他练武学艺，一晃眼多年过去，李星云成长为了意气风发的少年，他和同门师妹陆林轩一起下山精进武艺，就此结识了姬如雪和张子凡。机缘巧合之下，李星云竟然得到了龙泉剑，这个消息不胫而走，引起了各大门派的警觉。他们派出杀手追踪李星云一行人，企图抢夺龙泉剑。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
设定在“克隆人战争”之后，帕尔帕廷皇帝的统治将要开始之时，摩尔计划在一颗未被帝国染指的星球重建他的犯罪组织，而他遇上了一个理想破灭的绝地学徒，或许正是他在复仇之路上所需要的帮手。
计算机系新生朱韵努力适应着大学生活，与人为善，保持低调。然而同班的天才学生李峋屡屡闯入她的生活，朱韵本想与桀骜不驯的他保持距离，却又情不自禁被他的才华吸引。朱韵被李峋邀请进入研究基地，第一个项目就被研究生导师张晓蓓截胡，众人在张晓蓓的不断作妖下终于做完了项目。当张晓蓓威胁李峋继续帮她时，朱韵挺身而出接下项目，却在准备恶整对方时被人出卖。朱韵被张晓蓓羞辱，朱韵父母出头狠狠打脸了张晓蓓。学期结束，朱韵被家里人撮合相亲，她因此察觉对李峋的真心，李峋也因此感受到醋意下深藏的爱意。在你来我往的暧昧中，两人的恋慕逐渐浮上水面。
影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事完全由宫崎骏原创。讲述二战后丧母的少年牧真人与一只会说话的蓝鹭相遇，展开不可思议的冒险旅程。
