在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
虽然因车祸失去右手和右腿，但是北鸣并没有对生活失去信念，在路遇小混混为爱出头之后，北鸣身受重伤，在医院醒来的他，却突然发现身边出现了一只凶残且热爱装的狗妖。北鸣不光站了起来，还拥有了强大的力量，就在北鸣得意的时候，一场巨大的危机也正在慢慢的向他逼近。
《钢铁飞龙2》讲述的是曾经被奥特曼打败或驱逐出地球的外星人，再度入侵。有翅膀硬了回来找奥特曼寻仇的，有越狱报复地球的，还有来刷存在感的。而这些外星人都具备各式各样的能力，地球再度陷入危机。关键时刻，钢铁飞龙小战队挺身而出，与正在归来的奥特曼一起，为保护地球安危而战斗。
