在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
喜武屋七叶，一个活泼的女中学生。奶奶在冲绳岛上经营有着独特风味的冲绳荞麦汤面店。千叶酱和作为高中校花的姐姐七绪，以及有着很强神佛灵感的小学生妹妹心七居住在一起。某一天，那个用咒文封印着喜欢在细叶榕树林中居住的树之精灵的瓶子，却被打开了盖子。出现在七叶面前的是有着可爱小女孩身姿的精灵妮娜。还有同是树之精灵的拉娜，以及化身为凶恶狮子的伊娜也先后出现了。就这样，本应过着悠闲和睦生活的千叶酱，被不可思议的卷入了精灵们带来的波澜之中……
暗恋着老师的十五岁别扭少年岩石友纪顿时大受打击。一路哭着跑回家的友纪一刚进家门，便有一位可爱的小女孩直扑上来将其压倒在身下。还未等他反应过来，小女孩便欢呼着喊其为“老公”，随后三名黑眼镜部队的大叔便将其按倒在地向其出示了由日本总理签署的结婚证书，这下子友纪彻底傻眼了。据黑眼镜部队的大叔们介绍，这名叫rizel的小女孩是最新DNA科技的结晶，是国家的最终武器，所以她的任何要求都可以得到满足。友纪的父母愁眉苦脸地向部队的人抱怨家里的经济状况不好时，三位政府人员非常爽快地表示：只要rizel住进岩石家，所有的费用包括房屋按揭，水电费及日常杂费全部由政府负担……
