在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
柴娜娜意外结识S城上流社会人士墨砚亭，两人从蛛丝马迹中发觉地下组织六合社藏匿的真相，逐步探查，以爱、勇气和智慧战胜一个个罪恶成员，并最终报案将之绳之以法，维护社会秩序，弘扬正气！
