在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
未来时代，地球上的植物全部枯萎。在此期间，天地公司研制了仿真植物，只不过投入市场后效果并不理想，令该公司老板昆总（李传缨 配音）和总监文静（杨梦露 配音）大伤脑筋。文静的女儿小雨（张安琪 配音）全心期盼和母亲共度生日，谁知却空等一夜。愤怒的小家伙前往天地公司寻找母亲，却阴差阳错被一束蓝色光芒集中。这道光来自天地公司研发的空间转移装置，它将小雨传到一个充满绿色植物和奇怪生物的美丽星球。在被怪兽追杀之际，她得到了蓝色皮肤的男孩布勒（李正翔 配音）的救助。原来布勒的孙博士（王肖兵 配音）12年前来到这里寻找智慧树种，以开发全新的仿真植物基因。 神秘未知世界，小雨即将经历一生最重要的冒险……
御門 千早は容姿端麗・文武両道だが、外交官である父親の納得できない行動が原因で男性不信となり、それが通っている高校でも影響し、ついには人間不信になり登校拒否になっていた。それを見かねた母・妙子の強制により、妙子がかつて通っていた『聖應女学院』に『妃宮 千早』として『女装』して転校する羽目となってしまう。 学院では以前ナンパ男から助けてくれた少女・薫子と再会し、寮生活を始める。千早の美しい容姿と嫋やかな振る舞い、優秀な成績から次第に生徒達の注目を集めていく。
煌历3015年，世界因两个超级大国的冷战而四分五裂，原本守护岛国尼尔·卡姆伊的“红龙”发生异变而暴走。为此，来自三国的精英们组成了名为“混成调查队”的部队，岛国的命运即将背负在他们的身上……
