在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
平凡少年韩立出生贫困，为了让家人过上更好的生活，自愿前去七玄门参加入门考核，最终被墨大夫收入门下。 墨大夫一开始对韩立悉心培养、传授医术，让韩立对他非常感激，但随着一同入门的弟子张铁失踪，韩立才发现了墨大夫的真面目。 墨大夫试图夺舍韩立，最终却被韩立反杀。通过墨大夫的遗书韩立得知了一个全新世界：修仙界的存在。 在帮助七玄门抵御外敌之后，韩立离开了七玄门，前去墨大夫的家中寻找暖阳宝玉解毒，并帮助墨家人打败了敌人。 通过墨大夫之女墨彩环的口中得知太南小会地址，韩立为追寻修仙人的足迹决定前往太南小会，拜别家人后……
御門 千早は容姿端麗・文武両道だが、外交官である父親の納得できない行動が原因で男性不信となり、それが通っている高校でも影響し、ついには人間不信になり登校拒否になっていた。それを見かねた母・妙子の強制により、妙子がかつて通っていた『聖應女学院』に『妃宮 千早』として『女装』して転校する羽目となってしまう。 学院では以前ナンパ男から助けてくれた少女・薫子と再会し、寮生活を始める。千早の美しい容姿と嫋やかな振る舞い、優秀な成績から次第に生徒達の注目を集めていく。
