在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
故事发生在白玉中学之中，懒懒散散的三岛木洋（松本忍 配音）是软网社的顾问，虽然表面看来其貌不扬，但实际上，他曾经是获得过全国冠军的天才击球手。伊丽莎白（矢作纱友里 配音）是来自英国的留学生，曾因为三岛的影响而选择走上了网球的道路，如今，她作为留学生追随三岛来到了白玉中学。 活泼开朗的春风明日菜（伊藤加奈惠 配音）、对运动有着满腔热血的泽夏琴音（喜多村英梨 配音）、柔情似水温文尔雅的秋山千岁（伊藤静 配音）、拥有健康肤色沉默寡言的冬川来栖（明坂聪美 配音），在这些可爱社员的围绕下，三岛的日常就此拉开了序幕。
