在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
东汉末年，外戚专权，宦官秉政，群雄争霸，天灾不断。在这个战乱时代，解州运城出现一位义重如山的武将，他忠义仁勇的一生在历史上留下一段可歌可泣的英雄事迹，他就是——武圣关公。影片从关羽桃园三结义、温酒斩华雄、过五关斩六将到单刀赴会、水淹七军等经典历史段落，串起关公追随兄长、匡扶汉室、威震华夏的传奇一生，并将民间传说中战蚩尤解救苍生等神话巧妙呈现，全方位还原关公这一彪炳春秋的华夏传奇英雄。
当还是很和平的时候，世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”，地球受到无尽的威胁。在这时，联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落，其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。 日本各地，黑暗十字军各自选出目标，杀害反对他们的人。当大家都被杀害，其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣，使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们，他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。
